Popunjavanje liste želja je veoma važan korak u sklopu celog procesa male mature i treba mu pristupiti sa puno pažnje, jer on umnogome odlučuje sam tok daljeg školovanja, odnosno odabir buduće profesije. Popunjavanje liste želja obavlja se elektronskim putem i neposredno, dolaskom u školu, tokom cele srede (26. jun) od 8 pa do četvrtka (27. jun) do 15 časova.
Onlajn lista želja se popunjava na portalu Moja srednja škola. Rangiranje za upis vrši se na osnovu postignutog uspeha u šestom, sedmom i osmom razredu, uspeha na završnom ispitu i uspehu na takmičenjima. Iz 6. 7. i 8. razreda učenici mogu da ponesu 60 bodova, a na maloj maturi maksimum 40, što znači ukupno najviše 100 bodova.